El súper villano Shredder escapa de prisión y une sus fuerzas con el científico loco Baxter Stockman y sus dos secuaces, con intención de llevar a cabo un diabólico plan para conquistar el mundo. Las tortugas ninja, junto a April O'Neil, Vern Fenwick y Casey Jones, un nuevo vigilante enmascarado, deben combatirlos para evitar que consigan sus maléficos objetivos.
